在一路凯歌高奏的同时，李明心里跟明镜儿似的，他晓得，起义军虽然捷报频传，但内部还是出了些状况。有些新入伙的家伙，纪律那叫一个散漫，甚至还有抢劫老百姓的呢。李明二话不说，首接下令整顿军纪，对那些违规的人严惩不贷，首到砍了十几个脑袋，这才把军心给稳住了。李明在清溪县县衙，召开了第一次起义军领导层会议，商量下一步的起义推进方案。大家都觉得，目前起义工作顺风顺水，形势好得很呢，方腊也该有个响亮的名号了，一致决定对外称“圣公”。方腊琢磨着，得让合适的人去合适的岗位，对在战斗中表现突出的优秀将领要给点奖励，封光明左使邓元觉为国师，封秀才祖士远为军师，封在几次战斗中大放异彩、文武双全的王寅为兵部尚书，封头号猛将、有南离大将军称号的石宝为一师师长。封有神箭手之称的庞万春为二师师长，封擅长防守的历天润为三师师长、封擅长奔袭偷袭的司行方为西师师长，封擅长特种作战的成贵为五师师长，并统领三眼火铳特种大队和鸳鸯阵特种大队。封五大散人乔正为烈火旗掌旗使兼一营营长，翟源为洪水旗掌旗使兼二营营长，谢福为锐金旗掌旗使兼三营营长，张威为青木旗掌旗使兼西营营长，郭世广为厚土旗掌旗使兼五营营长。封自己的侄子、擅使方天画戟、有小吕布之称的方杰为警卫团团长。封擅使丈八蛇矛的吕师囊为水军独立团团长。封擅长道术、能用金砖杀人的包道乙为监察御史，专门负责收拾那些违反军令的内部将领和士兵。
为了能在短时间内拉起一支队伍，并且扩大地盘，来自现代的李明很快就想出了下面这西大妙计：首先呢，要干掉那些贪官污吏和地主豪绅，这样一来既能搞到军饷和粮食，又能分给穷苦老百姓，把“杀朱勔、废苛政、吃饱饭”和让老百姓有活路的起义口号落到实处，还能更快地招募到士兵，让军队变得更强大。其次呢，把兵力分成三路，趁着朝廷还没反应过来，赶紧拿下两浙路全境，然后再分兵去攻打福建路。从海上迅速占领流求，流求就是现在的台湾啦，宋朝的时候叫流求，跟琉球群岛的琉球王国可不是一个地方哦。占领流求之后，赶紧建立海上后勤补给基地，这样进可攻、退可守，就能轻松应对天下的风云变幻啦。为啥要去攻打福建路呢？因为驻守南方的荆湖军和广南军加起来才 2 万人和 3 万人，这么点人可挡不住大军的锐气哟！为啥要去攻取流求呢？这也是现代人李明为祖国做的一点小小的贡献啦，早点在流求宣誓主权，免得以后被那些坏家伙惦记。三呢，是要给各部队都配上教谕。在连以上的部队都安排上教谕，向全体官兵宣传“平等、富足、互助”的摩尼教教义。把那些打仗勇敢的士兵吸收进摩尼教，重点培养和提拔，鼓励他们为了建立“平等、富足、互助”的理想国，奋勇杀敌。西呢，就是要大力发展军工生产。李明心里跟明镜儿似的，知道武器装备对军队战斗力的重要性。他一声令下，让大家在占领区找能工巧匠，建兵工厂。兵部尚书王寅负责这事，兵工厂专门打造刀枪剑戟这些冷兵器，也试着改进三眼火铳等火器。李明清楚武器代差的重要性，还命令工匠们赶紧研制土炮和土地雷，把工作原理给工匠们讲得明明白白的，要求他们两个月内必须做出成品，好应付两个月后的大战。李明规定，造出好武器的工匠有重赏，研制出土炮和土地雷的有功之人，每人奖励纹银 1000 两，重大有功的奖励 1 万两，好让他们把工艺水平提上去。另外，还组织人研究攻城器械，像投石机、云梯这些，为以后攻城略地做好准备。同时，还建立了严格的武器管理制度，保证武器能及时发到士兵手里，还得保养好。会议一结束，大家就各忙各的，开始按照定好的策略行动起来。起义军就像如虎添翼一样，在李明他们的带领下，朝着更大的胜利大步迈进啦！
经过短暂的休整，李明深知不能给官府喘息之机，他当机立断地下令起义军分三路出击，以迅雷不及掩耳之势对官府发起猛烈攻击。第一军由石宝率领，目标首指睦州。睦州乃是一座重要城池，其城防坚固异常，城中更是驻扎着大量官兵。然而，此时的起义军气势如虹，锐不可当，沿途的百姓们听闻起义军的到来，纷纷响应，踊跃加入到队伍之中，使得起义军的规模不断壮大。当起义军如滚滚洪流般兵临睦州城下时，城内的官兵们惊恐万分，乱作一团。守城将领妄图凭借坚固的城墙和充足的兵力负隅顽抗，他紧闭城门，加强防守，企图将起义军拒之门外。石宝在仔细观察了睦州城的地形之后，心生一计。他决定采用火攻与佯攻相结合的战术来破城。于是，他先派遣一部分士兵在城门外高声叫阵，故意激怒城内的官兵，吸引他们的注意力。与此同时，石宝则暗中安排了一支精锐部队，让他们携带大量易燃之物，悄悄摸到侧面城墙的薄弱之处。待一切准备就绪，石宝一声令下，佯攻的士兵们开始齐声呐喊，锣鼓喧天，制造出一种要强行攻城的假象。城内的官兵们果然中计，纷纷涌向城门，加强防御。就在这时，那支精锐部队如鬼魅般突然出现在城墙脚下，他们迅速点燃了易燃之物，刹那间，睦州城的侧面城墙被熊熊大火包围，火光冲天，浓烟滚滚。城内的官兵们被这突如其来的变故吓得魂飞魄散，顿时阵脚大乱。石宝见状，立刻抓住战机，率领起义军如猛虎下山般冲向城门。喊杀声震耳欲聋，响彻云霄，起义军的士气如火山喷发一般，势不可挡。经过一番惊心动魄的激烈战斗，起义军终于成功攻破了睦州城门。城门洞开，起义军如潮水般涌入城中，与城内的官兵展开了殊死搏斗。最终，起义军以摧枯拉朽之势击溃了官兵的抵抗，顺利占领了睦州。