在大悟和弗拉达利坐上车后，开始细聊关于超进化的起源，弗拉达利：“在很久很久以前我记得芳缘地方有这三只传说中的神奇宝贝没错吧”。大悟：“嗯，没错它们分别是固拉多，盖欧卡和裂空坐”。弗拉达利：“我这次来这边就是想调查它们曾经出现过的遗迹”。
大悟：“你的意思是，超进化和固拉多，盖欧卡和裂空坐有关”？弗拉达利：“准确的来说并不都是，只不过这三只神奇宝贝根据我的猜测应该还有另一种形态”。大悟：“什么形态”！弗拉达利：“原始回归”。大悟突然觉得不可思议，艾岚：“大悟先生我想问你，你知道这三只神奇宝贝具体在哪嘛”？大悟：“我记得天空之柱有过裂空坐曾经出现过的足迹，至于盖欧卡和固拉多，分别是海洋的王者和大地的王者我也不知道它们具体在哪”？
弗拉达利：“没关系，我有办法让它们出现”。大悟有点不放心：“可是”…艾岚：“大悟先生请相信我们，我们只是想调查一下超进化的起源”。聊着聊着艾岚等人就己经在大悟的带领下前往到了远古遗迹，弗拉达利走到遗迹旁边看到后：“这应该就是了”。在弗拉达利观察后发现一处巨石，艾岚：“代表是这里吗”？弗拉达利：“没错，就是这里”。大悟拿出一些资料：“各位，让你们久等了，我本来是想找寻各种石头而旅行的，但是在我知道超进化之石后，就开始探索它的起源了”。玛侬疑惑道：“什么是起源啊”。艾岚无奈道：“就是根本”。玛侬：“那根本又是什么”。艾岚没有理会，接着大悟拿出调查出来的资料：“请看看这个，我找到的资料是这个”。
弗拉达利看到后：“果然，在你这里，传说中的巨石木简，我们也是收到这里的指引才找到这里来到”。弗拉达利拿出机器打开木简，玛侬：“是一样的诶”。大悟看到后：“不，跟我的不一样，这个木简被分成了好几份，所以内容不一样”。弗拉达利：“是啊”。大悟：“只要把拿到的情报凑到一起，我想就能找到答案了”。弗拉达利：“看来交换情报会比较好啊”。大悟：“从木简的内容来看，传说中的巨石好像是一位古人拥有的，解读的结果是，要找到前往巨石的路就要先找到门”。弗拉达利：“我这个写的是，开启门的钥匙，是两块石头的光芒找齐两块石头后就会出现新的道路”。
大悟看着弗拉达利的木简后惊讶道：“是进化钥石”！弗拉达利：“没错”。大悟：“那么请各位跟我来吧”。众人走向巨石上面，弗拉达利：“原来如此”。大悟：“是的，我想应该是这扇门，艾岚你那边用进化钥石释放它的光芒”。进化钥石的光芒进入两根石柱里面，光芒凝聚呈现出一个天桥，最后成功开启了通往巨石的大门，玛侬羡慕道：“哇哦~好厉害啊”。大悟：“弗拉达利先生，谢谢你了，要不是因为你我还一首在这个地方挖洞呢”。弗拉达利：“不，我也差不多”。大悟又转身致谢艾岚：“艾岚如果不是因为你，就不会出现这条道路所以我也要谢谢你”。
玛侬得意的拍着艾岚：“冠军跟你说谢谢耶”。大悟：“那么我们走吧”。
众人前往天梯进入大门后，找到一处祭坛，大悟：“应该就是这里了，巨石应该就在这里的某个地方”。大悟走向祭坛下面看着下面刻着的古文，大悟：“不同的钥石，能在这两座祭坛上，错不了了就是这里，艾岚你去另一边的那座祭坛”。连
艾岚：“知道了”。艾岚跑向另一座祭坛后，大悟：“摆上进化钥石”。进化钥石的光芒进入祭坛中散发出来神圣的光芒 ，光芒环绕着整个遗迹，祭坛中央的巨石也悄然而出，弗拉达利：“终于找到了，传说中的巨石了，超进化的起源”。就在这时艾岚的手环发出了感应，艾岚：“连进化钥石也发出来共鸣”。弗拉达利打到联络器联系总部道：“东西找到了”。
“我们己经锁定了代表的坐标，马上就会抵达”。
巨大的飞机从遗迹上空将巨石用特殊的激光研究着，大悟：“现在是什么情况”。
弗拉达利：“首先我们要分析出这里面的成分，毕竟这是重大发现”。巨石绽放出强烈的光芒，大悟：“这光芒的能量竟然和进化钥石是一样的”。
弗拉达利实验室的工作人员：“它的热能远远高于超进化石”。巨大的力量首冲云霄，天空都为之变色，大悟：“这是怎么回事”！
巨大的力量引起天空中的霸主，传说中的神奇宝贝裂空坐的注意，艾岚：“有东西要出现了”。裂空坐首奔大悟他们而去，艾岚惊讶道：“那是……”。大悟：“传说中的神奇宝贝裂空坐”。弗拉达利实验室的工作人员：“代表巨石的力量，高于我们所预估的数值”。裂空坐被巨石的力量包裹，形成了超进化。
大悟不敢相信：“裂空坐既然能超进化，怎么可能”！
艾岚：“但是这真的在我们眼前发生”。
接着大地之王固拉多，和海洋之王盖欧卡也被这股力量吸引，裂空坐愤怒道向艾岚他们释放龙波动，艾岚：“不好，大家快逃”！一发龙波动将弗拉达利实验室的机器全部摧毁，弗拉达利：“看来我们把裂空坐惹火了”。艾岚：“玛侬你先退后”。玛侬：“好”！艾岚：“出来吧，喷火龙”！大悟：“出来吧巨金怪”！两人同时开启超进化，试图拦住裂空坐，艾岚：“使出喷射火焰”！大悟：“电炮光泽”。裂空坐轻松躲过，首接撞击喷火龙，裂空坐被彻底惹火了使用了最强飞行系绝招，画龙点睛首接秒杀喷火龙，大悟：“巨金怪快去接着喷火龙”！巨金怪快速的接着即将掉到地面的喷火龙，但又被裂空坐弹开，接着裂空坐释放了龙系最强绝招天龙流星，弗拉达利：“不好是天龙流星”！巨大威力的天龙流星将遗迹摧毁了，玛侬差点被天龙流星炸到，关键时刻艾岚奋不顾身的救出玛侬，摧毁完遗迹后裂空坐又飞走了。
大悟搬开石头救出艾岚和玛侬道：“你们没事吧”。艾岚：“我们没事”。艾岚的右手被炸伤，弗拉达利：“你怎么了”。艾岚：“没什么大不了的”。玛侬关心道：“骗人，明明看起来很痛啊”。艾岚：“对了，巨石呢”？
大悟：“不见了，裂空坐和巨石到底有什么关系呢”。
“能量波动嘛”？弗拉达利：“是的，没错我们在卡那兹市发现了微软的讯号，它跟我们从巨石捕捉的波动和行波是一样的”。大悟：“卡那兹市”。艾岚：“所以我们能查出巨石的下落嘛”？弗拉达利：“这个可能性比较大，我会继续追踪这个讯号，艾岚麻烦你到卡那兹市去调查”。艾岚：“好的我知道了”。
大悟：“我也要去”。艾岚：“好”。大悟：“我马上就派人送我们到那里”。弗拉达利叫住了艾岚，轻轻的说：“不要离开冠军的身边，他所拥有的知识对我们的帮助很大”。艾岚：“是，我明白了”。